José Eduardo Atala es presidente de la Cámara de Comercio Hondureño-Americana y vicepresidente de la Asociación de Cámaras de Comercio Americanas en Latinoamérica. Hasta 2004 fue uno de los principales accionistas del Banco Mercantil (BAMER) de Honduras, uno de los bancos privados más importantes del país, que luego fue absorbido por (BAC) Canco de américa Central, en el cual la familia Atala aún posee acciones significativas. Además, fue director por Honduras del banco regional Banco Centroamericano de Integración Económica (BCIE) Fue parte de la Junta Directiva de Desa y del grupo de comunicaciones llamado «Seguridad PHAZ» en donde se planificaron y autorizaron los ataques sistemáticos contra el COPINH y Berta que culminaron con su asesinato.